isomiRs是miRNA的一系列异构体。isomiRs形式多样,甚至引入了不同5'端及种子区域。 在第三代小核算递送系统中,含有siRNA的pre-miRNA骨架在生成siRNA时, 其产物有可能是siRNA的各类异构体。 通过检测isomiRs类别及其表达模式,我们可以判断该递送系统的可靠性, 从而为优化siRNA和骨架提供依据。
目前开源的MHC分析软件(如OptiTyp)都是基于人MHC数据库的, 在生物药研发阶段,为了预测生物药在猴中的免疫原性,需要利用已有的算法, 针对猴的MHC,开发特定的MHC分析软件。 从IPD-MHC数据库下载猴MHC序列,提取和整理特定序列的MHC信息。 将RNASeq序列比对到猴MHC序列。 利用整形线性规划算法,对比对信息进行处理,进行基因型的分型。
分析RNAi处理组和对照组的RNASeq数据,分析差异表达的基因。 分析差异表达基因和siRNA seed region序列。